Los pilotos, y por consiguiente los aviones, utilizan distintos sistemas de posicionamiento, como el GPS, y sistemas de ayudas a la navegación, como radiofaros o medidores de distancias, que les permite saber constantemente dónde se encuentran.
Pero en pleno vuelo sobre el océano, y a más de 250 kilómetros de la costa, en la llamada «zona de incertidumbre» no hay cobertura radar, lo cual significa que los aviones no están constantemente vigilados por el control de tráfico aéreo. Son los propios pilotos, que conocen en todo momento su posición, quienes comunican por radio o satélite los puntos de control por los que pasan. Estos puntos, o waypoints, marcan unas aerovías por donde «circulan» los aviones . Si el avión sufre una incidencia, siempre queda registrado el último waypoint por el que pasó. Ahora bien, en caso de accidente, sólo pueden averiguarse la última comunicación que realizó el piloto, pero no cuánto tiempo pasó hasta el accidente, por lo que es complicado determinar el área de búsqueda del aparato.
De ahí que se sepa que el vuelo MS804 de Egytp Air se ha perdido dentro del espacio aéreo Egipto y que la búsqueda se esté centrando en una zona cerca de la isla griega de Karpathos: «La operación de búsqueda del avión se desarrolla ahora mismo en el área en la que se cree que desapareció el avión y en la que se perdió la comunicación», ha dicho el primer ministro egipcio Sherif Ismail.
Una vez que ha tenido lugar el accidente, el método de localización se rige a través de otros instrumentos. Los aviones disponen de una radiobaliza que se activa cuando se produce el impacto. Esta baliza emite una señal que permite su localización, pero que se debilita con el tiempo y si se encuentra a mucha profundidad bajo el agua.